В периода на Второто Българско царство, Басарбовски скален манастир е бил част от голям манастирски исихастки комплекс, обхващащ каньона на река Русенски Лом и притоците Бели и Черни Лом. Във варовиковите скали монасите са издълбали своите църкви и килии. Далеч от светската суета, те живеели просто и аскетично. Според исторически изследвания Басарбовският манастир бил посветен на св.св. Теодор Тирон и Теодор Стратилат. Ктитор на манастира била царица Теодора – първа съпруга на цар Йоан Александър и дъщеря на влашкия войвода Иванко Басараб (основател на първата владетелска династия на Влахия). Оттам е и името на манастира.