Това е най-старата запазена средновековна църква в Кюстендил. Според архитектурните ѝ особености и неотдавна разкритите средновековни стенописи, датирането ѝ може да се отнесе към края на X в. – началото на XI в. Съществува предположение, че тук се намира гробът на българския цар Михаил III Шишман, убит в битката при Велбъжд през 1330 г.