На 3 ноември 1897 г. към Педагогическото училище в Кюстендил се открива първата музейна сбирка в града. Той е първият в Югозападна България и третият в страната училищен музей, след тези на Априловската гимназия в Габрово и на Старозагорското мъжко трикласно училище. На 6 август 1944 г. читалищният музей прераства в градски музей с галерия, а от 1992 г. носи името на големия учен Йордан Иванов.